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Finger tapping task MatLab script

Finger tapping is probably the most used task in brain imaging studies (fMRI and NIRS). The task is simple and elicits robust brain signal...
Xu Cui
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Stork is my best research assistant

When I was a graduate student at Baylor College of Medicine, I found myself often in an embarrassing situation — I felt completely lost...
Xu Cui
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文献鸟Stork是我的科研好帮手

我在Baylor College of Medicine读研究生的时候经常遇到一种尴尬局面,就是同学们在热烈讨论本领域某篇文献的时候,我一脸茫然 — 因为我压根就不知道这篇文章。回头PubMed查查,这篇文章其实已经发表有一年了。 更绝的一个例子是,有次我老板发了文章我都不知道。当然,实验室大,有许多项目,我没有涉及那个项目。不过还是有点说不过去。 若干年后,我们开发的PaperBox的眼睛功能,现在改名为文献鸟Stork,才彻底解决了我这个问题。文献鸟用起来蛮简单的,我把能想到的所有我想跟踪的关键词和人名都输进去,然后我什么都不需要管了。文献鸟Stork会每天帮我自动搜索,把结果发送给我。现在我都是实验室第一个知道“大牛David Boas发新文章了”或者“又有人用nirs做超扫描了”等等。有面子,还长自信 🙂 我有50余个关键词,文献鸟Stork会不会给我一天发50封邮件呢?不会。文献鸟Stork不会滥用你的邮箱;她会把每天的结果总结一下,最多只发一封信。 另外她还很聪明。因为有时结果多,我需要快速知道那篇文章更值得一看,文献鸟Stork就会把每篇文章对应的期刊的影响因子用颜色标记出来。颜色越黄,说明期刊越好。我在时间紧张的时候就可以只看顶尖期刊的文章了。 Stork还支持从简单到复杂的关键词。如果我想了解某个领域,比如fMRI领域,那么我就可以用一个简单的关键词fMRI即可。如果我想了解用fMRI这种方法研究情绪的文献,则我的关键词就是fMRI emotion。默认情况下,不同单词之间的关系相当于逻辑符AND,因此只要文章中同时出现了fMRI和emotion(不管顺序,也不管两个词之间有没有其它词),就会被推送。但是,如果我只想要fMRI emotion连在一起的文章,这时候加个双引号就可以了:”fMRI emotion”。 当然,更加复杂的逻辑符Stork也是支持的。比如(Nature) AND (fMRI OR EEG) AND emotion NOT...
Xu Cui
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xjView 8.13 released. Allow to change the minimum of…

xjView 8.14 just released. Download link: https://www.alivelearn.net/xjview xjView 8.13 is released with the following new features: Allow to change the minimum value of the...
Xu Cui
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How much money did I make from an app?

Undoubtedly some people are very successful in making money by developing a smartphone app. Back in 2012 I developed an app called “Handbook of...
Xu Cui
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Raspberry Pi for research labs (1)

Raspberry Pi for research labs (3) Raspberry Pi for research labs (2) Raspberry Pi is a mini and incredibly cheap PC. The size is...
Xu Cui
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Download “Cross Wavelet and Wavelet Coherence Toolbox”

The “Cross Wavelet and Wavelet Coherence Toolbox” download link by Grinsted et al (http://www.pol.ac.uk/home/research/waveletcoherence/) is dead. We will send you an active download link upon...
Xu Cui
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推荐一款文献管理软件PaperBox

文献这件事其实挺烦人的。但是做研究少不了读文献,写文章少不了引用文献。我给大家推荐个软件可以非常有效地完成这些事情。 PaperBox有些类似EndNote,但有下面的特点: 基于云(Cloud-based)。我家里一台PC,学校一台Mac,还有个iPad和Android手机,我可以在任何电脑上访问到我的文献和pdf。比如我在实验室里下载了一篇文献,回到家登陆到PaperBox我就会发现那篇文献。PaperBoxr现在支持Windows、苹果(以及android)。 方便合作。我现在的项目(fmri)有3个研究生和两个博士后,是不是就需要交流文献,原来一直用email。现在用PaperBox就方便了。我创建一个tag,叫fmri,然后把该tag分享给他们,这样以后我每次忘里面加文章他们就会自动收到,他们也可以往里面加文章。这一点和dropbox有点类似。写文章的时候还可以方便引用该tag里的所有文献。 实时文献引用。我可能有点怪:我需要有某种“写的情绪”才能写文章。但是写的过程中引用文献老是破坏我的这种“情绪”,因为我必须从Word切换到EndNote,从键盘切换到鼠标,然后再切换回去。但是PaperBox Cite的实时文献引用功能就完全不同了。在Word里面,我只要键入{{,我的所有文献就在word里面列出来了。我还可以继续缩小范围。比如如果我要引用我导师Reiss发表的文献,我就输入{{reiss,那么我导师的文献就列出来了,回车之后就插入了进去。文章写好后我就可以选择一个期刊(比如Nature)格式化。 从EndNote导入文献。我原来用EndNote管理(其实主要是插入文献用)文献,已经有600多篇了。我首先把我的EndNote库存成xml格式,然后在Peaya Paper里导入那个xml文献,这样我原来的文献(以及PDF)就一次性地导入了。 其它还有许多功能,比如新文献提醒,标签管理,文献讨论等。我相信你的工作效率会大大提高。 网站地址:http://www.paper-box.co/ 披露声明:我是PaperBox的开发者崔旭。自己也是科研人员一个,起初是为了解决自己的需求做的。既然是自己的作品,因此有点“自卖自夸”,请大家多多指正,并希望能推荐给同学同事。谢谢。
Xu Cui
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Recommending a free reference manager, PaperBox

Reference managing is pretty annoying. But you can’t do research without reading papers, and can’t write manuscript without citing papers. Here I recommend a...
Xu Cui
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Handy programs to visualize NIRS data (5): plot2

Let’s say you have two correlated variables, x and y. You may have more then one data points with x=10 and y=5. But if...
Xu Cui
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