推荐一款文献管理软件Peaya Paper

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文献这件事其实挺烦人的。但是做研究少不了读文献,写文章少不了引用文献。我给大家推荐个软件可以非常有效地完成这些事情。
Peaya Paper有些类似EndNote,但有下面的特点:
  1. 基于云(Cloud-based)。我可以在任何电脑上访问到我的文献和pdf。比如我在实验室里下载了一篇文献,回到家登陆到Peaya Paper我就会发现那篇文献。Peaya Paper现在支持Windows、苹果和linux(以及android)。
  2. 方便合作。我把同一个实验室的小张加为朋友,我们可以相互看看对方最近读了些什么,也可以推荐新文章给对方。更方便的是,在写文章的时候我可以直接引用小张的文献,而不需要像原来一样发邮件寄附件给他。
  3. 实时文献引用。我可能有点怪:我需要有某种“写的情绪”才能写文章。但是写的过程中引用文献老是破坏我的这种“情绪”,因为我必须从Word切换到EndNote,从键盘切换到鼠标,然后再切换回去。但是Peaya Cite的实时文献引用功能就完全不同了。在Word里面,我只要键入{{,我的所有文献就在word里面列出来了。我还可以继续缩小范围。比如如果我要引用我导师Reiss发表的文献,我就输入{{reiss,那么我导师的文献就列出来了,回车之后就插入了进去。文章写好后我就可以选择一个期刊(比如Nature)格式化。
  4. 从EndNote导入文献。我原来用EndNote管理(其实主要是插入文献用)文献,已经有60多篇了。我首先把我的EndNote库存成xml格式,然后在Peaya Paper里导入那个xml文献,这样我原来的文献(以及PDF)就一次性地导入了。
其它还有许多功能,比如新文献提醒,标签管理,pdf缩略图提取,文献讨论等。我相信你的工作效率会大大提高。

披露声明:我是Peaya Paper的开发者。

xjview 10.0 released

xjView is a viewing program to visualize fMRI images. It can also be used to visualize fNIRS data if you convert the fNIRS activation...
Xu Cui
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六祖慧能的偈子

当年禅宗五祖弘忍要把衣钵传下去,就让弟子们做一首能显示自己体悟的偈子。五祖的高徒神秀就在墙壁上写了下面的诗: 身是菩提树心如明镜台时时勤拂拭莫使惹尘埃 慧能当时也在五祖门下,不过他不识字。有天听到别人念神秀的诗,就说,我也有个偈子,请那人代他写到墙上。诗云: 菩提本无树明镜亦非台本来无一物何处惹尘埃 大家都很惊奇,没想到其貌不扬的慧能还能写出这样的诗。五祖知道慧能已经悟道,便将衣钵传给他。于是,慧能就成了六祖。不过他还不能暴露身份,就悄悄到了南方。有次,他到了广州法性寺,赶上印宗法师在讲经,听到两个和尚讲话。当时风吹着旗子在动,一个和尚说,是风在动;另一个和尚说,是旗在动。慧能听到,说,不是风动,也不是旗动,而是您两位的心在动。大家都很惊讶,印宗法师请他上座,才了解这就是六祖。而慧能从此开始传法。 上面的故事是超简版,如果要了解详情,可以读六祖坛经。我第一次听到慧能的偈子以及他的“不是风动不是旗动而是心动”的言论,是在高中的政治课上。当时我们的老师很年轻,估计也就二十来岁,看我们理科班上政治课一点都不积极(政治不列入理科的高考),有时就给我们聊一些有意思的哲学,比如白马非马、特殊包含一般等等。政治课我几乎没及格过,对这些我倒是特别感兴趣,听得津津有味。多年之后,每次我再读起慧能的偈子,总觉得倍感亲切。回头看,这是当年老师给我播下了种子。
Xu Cui
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采用基于频率簇(Cluster)的置换检验(Permutation)方法选取感兴趣频段

作者:北京师范大学 龙宇航,longyuhangwork@163.com代码来源(见本页底部):周思远 在使用wtc计算脑间神经同步后,我们需要在多个频率段、多个通道组合上对神经同步值进行统计检验,因此当进行频段选择时,面临多重比较的问题。为了解决多重比较的问题,可以采取基于参数或非参数检验的多重比较矫正的方法。由于基于非参数检验的多重比较矫正对数据的分布形态没有严格要求,因此具有更广泛的应用场景 (Maris and Oostenveld, 2007)。本文即介绍基于随机置换的非参数检验的方法 (Zheng et al., 2020; Long et al., 2021)。 在寻找感兴趣的效应时,我们采取了基于频率簇(Cluster)的方法,即在频率方向寻找连续显著的Cluster,该方法比基于最强效应点的方法具有更为优秀的抗噪音能力。值得注意的是,我们并没有沿着通道的方向去寻找连续显著的通道簇,这是因为沿着通道方向寻找Cluster容易受到生理噪音的影响。 下面进入具体的实操部分。假设本例招募了22对组1被试及22对组2被试,每对被试分别进行3种条件的任务,因此本例是2(组别,被试间因素)*3(条件,被试内因素)的实验设计。本例对神经同步值进行2*3的混合方差分析,并关注交互作用。 具体来讲,进行置换检验需要进行以下几个步骤:1. 重采样;2. 对随机样本进行计算及统计;3. 计算真实样本的统计量;4. 真实样本与随机样本的对比。下面依次进行介绍。 1. 重采样...
Xu Cui
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28 Replies to “推荐一款文献管理软件Peaya Paper”

  1. 我设置了Endnote之后可以直接看所有abstract 然后点find fulltext就可以找到Pdf全文,我觉得这个是Endnote最好的地方。
    Peaya可以吗?

  2. 你指的是同时显示所有文献的abstract?现在peaya只显示选中文献的abstract。至于find fulltext,当你选中一篇文献后,peaya会自动找pdf,但如果找不到会显示该篇文献的webpage。

  3. 恩,还是可以。不过只能导进几百个reference一次,我一般写一篇小文章就要搜2000条放Endnote里面。不过Endnote是只要你一搜他就导进去,估计我要用到的也就几十篇最多。
    最近在学neuropsychology,想问一下,2002年就有一个research说猴子可以通过想象控制光标移动,那我通过想象,electrodes链接到我的visual cortex,我不也可以就传图像了吗?I heard from my lecturer that this is difficult because it is hard to crack the neural code. But I think it is quite possible.
    这里回复有没有通知功能呢?如果我想邮件接到回复。

  4. 从原理上是可以的,不过要用许多electrode,实现起来就麻烦了。即使实现了,还需要把电信号转化为图片,这个估计也比较困难。

    我这个网站用的是word press,好像没有自动通知的功能。

  5. 我想的是就直接把图像对应映射过去吧,A接受了就直接映射到B上面。。。会扰乱正常的工作倒是了。初步的话。
    为啥motor cortex需要的electrode那么少呢。

  6. 这个我就不是专家了。不过考虑到大脑有近一半的区域都与视觉有关,就说明视觉信息有多大了。

  7. 这个软件如果做CITATION的话,{{Fama,1992}} 出来的格式都是(Fama,1992)。但是有的时候CITEde 方式不是都放在括号里面,比如说previous work done by Fama(1992), or Fama (1992) find……. 这种情况,如何用Peaya呢?

    我发现如果我这么打{{Fama (1992)}}貌似还是不行。多谢

  8. 这个问题很好,该功能我们已经备案。对这种情况Peaya Cite现在还不能自动识别。我个人的解决办法是格式化之后手动把作者名字去掉。不过一般情况下一篇文章也只有两三处需要这么做。

  9. 厄。。。。。。我不是要去作者名字,是需要把生成的括号去掉,然后再在年代那里加上括号。

    你的意思是说,目前唯一的方式只能是先用PEAYA默认的格式先生成reference,之后再回到原文里面改动CITE的方式? 如果改动的话,生成的reference不会变吧?

  10. 是的,生产的ref不会变。

    我是把生成的括号里的作者去掉。比如:
    格式化前: Fama {{Fama,1992}}
    格式化后: Fama (Fama, 1992)
    手动: Fama (1992)

  11. 从“该功能我们已经备案”看出点小端倪,GOOGLE了一下,原来崔同学是开发这个的啊。。。。。。NICE。。。。如果我改用这个的话,用起来有什么觉得不方便的,我就过来留言。期待新版的能解决。要FREE EDITION哦~~~~加油加油。

  12. 请问这个软件现在是否还是全免费了呢?看网站介绍说免费版只能存储50个paper,太少了诶……

  13. 太帅了,算是填补空白不?今天才刚想到用手机来管理下文献,没想到一年多以前已经有人做了这么多工作了

  14. 原来是老乡啊,有个疑问就是我下载的peaya外挂在word里面的journal style怎么那么少啊,那里可以安装比较全的journal style啊

  15. 真是一款好软件,但是我现在不能把它同步到office的word里啊?输入{{没有任何反应,哪里有问题吗?

  16. @bioshawn
    谢谢!如果你用的是64位的Word,那么现在的PaperBox Cite不兼容;否则的话应该是没问题的。你看到PaperBox Cite的工具条了吗?

  17. 为了用paper box,我现在重新装了32位的word还是不行啊,我的是2013版的,是在word的任务栏上出现工具条吗?@Xu Cui

  18. 为了用paper box,我现在重新装了32位的word还是不行啊,我的是2013版的,是在word的任务栏上出现工具条吗?

  19. 我的paperbox忽然只能够输入{{, 然后引入文献,不能变换参考文献格式,也不能够生成reference目录了,我重新安装了office 和paperbox及paperbox cite也不管事。
    可能是哪里出了问题呢?

    谢谢!

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